Theo Bộ Tài chính, nguyên tắc sắp xếp, sát nhập Chi cục Thuế thuộc Cục Thuế tỉnh, thành phố được đảm bảo theo đúng Nghị quyết số 18-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Ban Chấp hành Trung ương khóa XII, Nghị quyết số 04-NQ/BCSĐ ngày 30/3/2018 của Ban cán sự Đảng Bộ Tài chính về việc triển khai Nghị quyết số 18-NQ/TW; Quyết định số 444/QĐ-BTC ngày 30/3/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Kế hoạch hành động của Bộ Tài chính thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW đảm bảo tinh gọn, hiệu quả, ổn định, không ảnh hưởng đến hiệu quả công việc, đảm bảo hoàn thành tốt nhiệm vụ chính trị được giao.
Bộ Tài chính sẽ chỉ xem xét tổ chức lại các Chi cục Thuế trong cùng một tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Đồng thời Bộ sẽ lưu ý tính đến các trường hợp đặc thù như: tại địa bàn trọng yếu (biên giới, hải đảo…), cần đảm bảo vấn đề an ninh, kinh tế, chủ quyền quốc gia, tạo điều kiện thuận lợi để thu hút đầu tư, thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội; tại địa bàn các tỉnh lỵ, khoảng cách gần, hạ tầng công nghệ thông tin tốt.
Bộ Tài chính cũng lưu ý, việc sắp xếp lại tổ chức bộ máy cần phải có lộ trình, không gây xáo trộn lớn về tổ chức, nhân sự, tâm lý, tư tưởng công chức và người lao động, đáp ứng yêu cầu cải cách, hiện đại hóa và thực hiện tinh giản biên chế
Về lộ trình triển khai, từ nay đến cuối năm 2020 đảm bảo mục tiêu giảm tối thiểu 50% tổng số các chi cục thuế hiện có trong toàn ngành. Cụ thể: từ nay đến cuối năm 2018 thực hiện sắp xếp lại 327 chi cục thuế quận, huyện, thị xã thuộc 63 cục thuế thành 154 chi cục thuế khu vực (giảm 173 chi cục). Trong đó, thực hiện ghép 192 chi cục thuế thành 90 chi cục thuế khu vực (giảm 102 chi cục), hoàn thành trước 1/7/2018; thực hiện ghép 135 chi cục thuế quận, huyện, thị xã thành 64 chi cục thuế khu vực (giảm 71 chi cục), hoàn thành trước 1/9/2018.
Bộ Tài chính cho biết, năm 2019 thực hiện sắp xếp lại 53 chi cục thuế quận, huyện, thị xã của 63 cục thuế thành 25 chi cục thuế khu vực (giảm 28 chi cục). Năm 2020 thực hiện sắp xếp lại 168 chi cục thuế quận, huyện, thị xã của 63 cục thuế thành 78 chi cục thuế khu vực (giảm 90 chi cục).
Thực hiện chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế đã khẩn trương ban hành Quyết định số 849/QĐ-TCT về phê duyệt kế hoạch triển khai, sáp nhập Chi cục Thuế các quận huyện, thị xã, thành phố thành Chi cục Thuế khu vực thuộc Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Theo đó, Tổng cục Thuế yêu cầu Vụ trưởng, Thủ trưởng các vụ, đơn vị thuộc, trực thuộc Tổng cục Thuế, Cục trưởng Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chịu trách nhiệm thực hiện kế hoạch theo lộ trình, đảm bảo ổn định mọi hoạt động, không ảnh hưởng đến việc thực hiện các nhiệm vụ chính trị được giao. Đồng thời bố trí sắp xếp công chức và thực hiệ chế độ chính sách đối với công chức tại cấc Chi cục Thuế được sắp xếp, sáp nhập, đảm bảo đúng quy định pháp luật và phân cấp quản lý cán bộ Bộ Tài chính.
Ngay sau đó, Tổng cục Thuế cũng đã tiếp tục ban hành Quyết định 855/QĐ-TCT về việc thành lập Ban Chỉ đạo triển khai, đảm bảo thực hiện đề án thành lập chi cục thuế khu vực theo đúng lộ trình, kế hoạch đề ra.