Tuy nhiên, cho đến nay, phát triển nông nghiệp ở Việt Nam chủ yếu dựa vào khai thác tài nguyên đất và sử dụng công nghệ lạc hậu thâm dụng nguyên liệu đầu vào. Thất thoát sau thu hoạch còn cao, chất lượng sản phẩm chưa đồng đều, nhiều sản phẩm nông nghiệp không an toàn. Năng lực sản xuất hàng hoá có giá trị gia tăng cao còn hạn chế là những hệ quả tất yếu từ phương pháp sản xuất này. Chẳng hạn, theo số liệu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, tính từ đầu năm 2015 đến tháng 2/2016 đã phát hiện 326/6.166 mẫu rau, quả, trái cây nhiễm chất cấm, dư lượng thuốc bảo vệ thực vật vượt giới hạn cho phép (chiếm 5,3% so với 9 tháng đầu năm 2015 là 10,3%).
Hơn nữa, thị trường nông nghiệp cũng chịu nhiều thách thức như biến động giá cả, cạnh tranh ngày càng mạnh mẽ, suy giảm nhu cầu thị trường... Những loại cây trồng chiến lược tuy đã tạo ra nguồn thu nhập cao cho khu vực như cà phê và cao su ở Tây Nguyên, nhưng bị ảnh hưởng bởi sự sụt giảm mạnh của giá cả thị trường thế giới. Những vấn đề này đe dọa sự phát triển bền vững của ngành nông nghiệp, và do đó làm ảnh hưởng đến sự phát triển nông thôn. Các vấn đề về chất lượng thấp, năng suất thấp, và tình trạng phát triển chậm trong lĩnh vực nông nghiệp đặt ra yêu cầu tái cơ cấu và hiện đại hóa cho toàn ngành nông nghiệp đang là vấn đề cấp thiết.
Tái cơ cấu ngành nông nghiệp là công việc rất quan trọng, nhất là các khu vực kinh tế còn nhiều khó khăn như Tây Nguyên và miền núi phía Bắc. Chẳng hạn, ở Tây Nguyên, một tỷ lệ lớn các cây cà phê, hạt điều đã già cỗi, nhưng hầu hết nông dân không đủ khả năng tái đầu tư. Vì vậy, chính quyền địa phương cần đưa ra một kế hoạch vững chắc, giúp người dân thay thế các loại cây trồng chính hoặc giới thiệu cây trồng có giá trị kinh tế cao hơn; từ đó tạo ra nguồn thu nhập tốt hơn và ổn định hơn cho khu vực. Nhà nước và các doanh nghiệp cần xác định lại cây trồng chiến lược hoặc nguồn sinh kế bền vững khác (ngoài nông nghiệp) cho mỗi khu vực địa lý, đồng thời xây dựng một kế hoạch rõ ràng và có hệ thống để phát triển, thu hoạch và bảo quản các sản phẩm nông nghiệp có giá trị gia tăng.
Thực tế đã chứng minh rằng, trong dài hạn, những sản phẩm nông nghiệp chất lượng cao, an toàn và vệ sinh có xu hướng chiếm lĩnh thị phần lớn và ổn định. Việc tham gia Hiệp định thương mại tự do khu vực ASEAN (AFTA) và Hiệp định đối tác chiến lược xuyên Thái Bình Dương (TPP), cùng với việc mở rộng thị trường quốc tế sẽ giúp khu vực nông nghiệp tăng trưởng mạnh mẽ hơn nếu các sản phẩm nội địa có chất lượng tốt hơn và giá trị gia tăng cao hơn. Như vậy, phát triển công nghệ cao là giải pháp đúng đắn và dài hạn.
Nông nghiệp công nghệ cao giúp nâng cao năng suất nông nghiệp và đảm bảo việc sản xuất thích ứng với biến đổi khí hậu và bảo vệ môi trường. Với lợi thế đất nông nghiệp, lực lượng lao động trẻ và dồi dào, việc phát triển kinh tế nông thôn sẽ khơi dậy tiềm năng sẵn có nếu khu vực nông thôn có thể thu hút sự tham gia của khu vực tư nhân, và được hỗ trợ bởi chính sách thuận lợi từ Nhà nước.
Đầu tư vào công nghệ tiên tiến trong nông nghiệp, với sự tham gia của khu vực tư nhân, giúp giải quyết các vấn đề về vốn cho sản xuất, đào tạo cho nông dân, tìm kiếm thị trường cho các sản phẩm nông nghiệp, giảm thiểu tác động của biến đổi khí hậu đối với sản xuất nông nghiệp. Bên cạnh đó, tiến bộ công nghệ trong nông nghiệp sẽ loại bỏ thói quen canh tác và thu hoạch ngắn hạn và không bền vững của người dân. Quá trình này sẽ cần có đào tạo kỹ năng hỗ trợ đi kèm và kiến tạo những cơ hội việc làm phi nông nghiệp cho lao động dư thừa…/.