Vào mùa mưa bão, nhiều khó khăn phát sinh đối với nuôi trồng thủy sản do môi trường thay đổi đột ngột và ô nhiễm làm thủy sản nuôi bị yếu do sốc, dẫn đến bỏ ăn, thậm chí bị chết do nhiễm dịch bệnh. Khi mưa nhiều làm cho nhiệt độ nước giảm đột ngột, nước mưa có tính axit và nước mưa rửa trôi phèn từ bờ xuống ao, làm cho pH nước trong ao nuôi giảm đột ngột, độ mặn giảm đột ngột (đối với nuôi nước lợ), giảm oxy hoà tan trong nước, giảm độ kiềm của nước. Nước mưa, nước lũ còn cuốn trôi phèn, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật và các chất thải độc hại từ ruộng, vườn, khu dân cư chảy vào sông, hệ thông kênh mương vào ao nuôi. Các đối tượng thủy sản nuôi có thể bị thất thoát do mực nước dâng cao làm tràn bờ, vỡ bờ. Bão gió lớn, sóng to, dòng chảy xiết làm vỡ, hỏng, cuốn trôi lồng bè…