Cụ thể, sản xuất cá tra 6 tháng đầu năm 2016 chưa có dấu hiệu phục hồi, hàng loạt các khó khăn như thị trường tiêu thụ bấp bênh, giá cá không ổn định, dịch bệnh thường xuyên xảy ra đã làm cho diện tích nuôi cá tra có xu hướng giảm. Diện tích cá tra 6 tháng đầu năm của các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long ước đạt 3.757 ha, giảm 5,5% so với cùng kỳ. Sản lượng thu hoạch ước đạt 526.683 tấn, xấp xỉ so với cùng kỳ. Trong đó, một số tỉnh trọng điểm về nuôi cá tra có sản lượng giảm như: Vĩnh Long 38.000 tấn (giảm 4%), Bến Tre 82.575 tấn (giảm 12%), An Giang 121.437 tấn (giảm 7%), Đồng Tháp 184.004 tấn (giảm 1%).
Thị trường cá tra nguyên liệu trong tháng 6/2016 tiếp tục duy trì trạng thái trầm lắng, các hộ nuôi liên tục chào giá ở mức thấp. Các nhà máy hầu như không thu mua cá từ bên ngoài mà chủ yếu bắt cá trong vùng nuôi hoặc từ các hộ nuôi liên kết. Những ngày đầu tháng, nhiều hộ hạ giá chào bán cá tra trong size (700-900 gr/con) xuống mức 18.000-18.500 đồng/kg (trả chậm) nhưng các nhà máy vẫn không có nhu cầu mua. Vài ngày gần đây, các nhà máy bắt đầu thu mua cá của các hộ nuôi ngoài do nguồn cá trong vùng nuôi đang giảm dần, khiến thị trường cá tra nguyên liệu khởi sắc trở lại. Tuy nhiên, giá thu mua cá trong size (700-900 g/kg) vẫn giữ ở mức thấp 18.500-19.000 đồng/kg (trả chậm).
Trong khi đó, tình hình thời tiết 6 tháng đầu năm 2016 diễn biến khá phức tạp cũng không thuận lợi cho sản xuất tôm nước lợ, nắng nóng kéo dài, nhiệt độ cao, môi trường ao nuôi bị biến động, ảnh hưởng rất lớn đến sức khỏe tôm nuôi, gây ra nhiều loại bệnh như: hoại tử gan tụy, phân trắng, đường ruột... Sản lượng thu hoạch tôm nước lợ của các tỉnh vùng đồng bằng sông Cửu Long 6 tháng đầu năm giảm so với cùng kỳ năm trước, dẫn đến thiếu hụt nguồn cung tôm nguyên liệu phục vụ xuất khẩu, giá tôm nguyên liệu tăng. Nhiều nhà máy chế biến chỉ hoạt động khoảng 50 – 60% công suất. Trước tình hình đó, nhiều hộ nuôi tích cực cải tạo ao đầm để thả tiếp hoặc thả bù những diện tích nuôi tôm đã bị thiệt hại.
Tuy nhiên, trong hai tháng trở lại đây diện tích nuôi tôm sú có xu hướng tăng nhẹ so với cùng kỳ năm trước. Tình hình cụ thể như sau: Tôm sú: diện tích ước đạt 540.451ha, tăng 1,8% so với cùng kỳ, sản lượng ước đạt 103.244 tấn, tương đương với cùng kỳ năm trước.
Giá tôm nguyên liệu tại Cà Mau bất ngờ giảm vào giữa tháng 6/2016 sau khi tăng mạnh vào tháng trước, cho dù nguồn cung tôm của cả ĐBSCL đang ở mức thấp. Nguyên nhân là do một số doanh nghiệp giảm thu mua tôm chế biến. Cụ thệ, giá tôm sú cỡ 20 con/kg giảm 20.000 đồng/kg so với tháng trước xuống 280.000 đồng/kg; cỡ 30 con/kg giảm 25.000 đồng/kg xuống 210.000 đồng/kg; cỡ 40 con/kg giảm 25.000 đồng/kg xuống 130.000 đồng/kg. Tôm thẻ chân trắng cỡ 70 con/kg và 100 con/kg giảm 10.000 đồng/kg xuống 130.000 đồng/kg và 100.000 đồng/kg tương ứng.
Nhìn chung, trong 6 tháng đầu năm 2016, thị trường hai mặt hàng thủy sản xuất khẩu chủ lực của Việt Nam có sự biến động mạnh. Tính đến thời điểm hiện nay thì giá cá tra nguyên liệu trong size tại các tỉnh ĐBSCL đã giảm trở lại xung quanh mức giá thấp tại tháng 2/2016 sau khi tăng giá và giữ ở mức cao trong 2 tháng gần đây (tháng 4 và nửa đầu tháng 5). Với xu hướng này, trong ngắn hạn, thị trường cá tra nguyên liệu sẽ vẫn khá trầm lắng khi chưa có dấu hiệu khởi sắc từ các đơn hàng ký mới xuất đi các thị trường chính như Mỹ, EU…Trong khi đó, giá tôm nguyên liệu nhìn chung có xu hướng ổn định ở mức cao trong 6 tháng qua trong bối cảnh nguồn cung nguyên liệu phục vụ chế biến xuất khẩu rất yếu do điều kiện thời tiết bất lợi ảnh hưởng đến việc thả nuôi của nông dân.