Phòng bệnh bằng vắc xin là biện pháp phòng bệnh chủ động có hiệu quả nhất. Khi dùng đầy đủ các loại vắc xin phòng bệnh cho vật nuôi nhưng vẫn cần phải thực hiện tốt công tác vệ sinh phòng bệnh.

Cũng như nhiều loại dịch bệnh khác xảy ra trên vật nuôi là lợn (heo), cách phòng bệnh rối loạn hô hấp và sinh sản cũng có những quy trình nhất định như sau: Chú trọng công tác thông tin và truyền thông; chủ động giám sát và phát hiện sớm bệnh; vệ sinh phòng bệnh; phòng bệnh bằng vaccine; kiểm soát vận chuyển.