Tuy nhiên, vẫn còn những rào cản về mặt chính sách và thực thi chính sách, pháp luật cả ở cấp bộ và địa phương gây vướng mắc cho doanh nghiệp (DN).
Trước hết là chính sách thu hút doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp còn chưa hiệu quả, thiếu tính ổn định... Đặc biệt trong quy trình thủ tục để tiếp cận ưu đãi, nhận ưu đãi còn rườm rà, phức tạp, tốn nhiều thời gian, công sức, làm giảm độ hấp dẫn của cơ chế, chính sách. Các chính sách về thuế (VAT, thu nhập doanh nghiệp, thu nhập cá nhân...) còn bất bình đẳng giữa các chủ thể trong cùng một lĩnh vực sản xuất, kinh doanh vì hiện chính sách thuế đang bảo hộ người nông dân so với DN. Ngoài ra, chính sách khuyến khích DN phát triển nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao (NNƯDCNC) chưa phù hợp. Trong đó tập trung chủ yếu vào quy trình, thủ tục thành lập khu NNƯDCNC còn thông qua nhiều bộ, ngành; thủ tục chứng nhận doanh nghiệp NNƯDCNC doanh nghiệp cần thỏa mãn các tiêu chí theo khoản 1 Điều 19 Luật Công nghệ cao, sau đó phải làm hồ sơ chứng minh mình đạt tiêu chí này gửi về Bộ Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn xem xét, cấp chứng nhận…
Hơn hết, hiện Việt Nam chưa có sàn giao dịch nông sản đúng nghĩa để kiểm soát được chất lượng, sản lượng và giá trị cho nông sản cũng như thúc đẩy các doanh nghiệp nông nghiệp phát triển thương mại điện tử, chú trọng truy xuất nguồn gốc, đảm bảo yếu tố ATTP. Một trong các nguyên nhân khiến hàng nông sản Việt Nam dù đa dạng, phong phú và tiềm năng nhưng chưa xuất khẩu bền vững, xuất phát từ thói quen sử dụng các vật tư nông nghiệp, thuốc bảo vệ thực vật một cách tuỳ tiện, ảnh hưởng đến chất lượng nông sản. Cạnh đó, cơ chế hợp tác công tư trong xúc tiến thương mại ngành nông nghiệp còn hạn chế, hình thức, ít hiệu quả. Việc không xác định được thị trường trọng tâm trọng điểm dẫn đến phân bổ nguồn lực xúc tiến bất hợp lý; các chương trình xúc tiến còn hình thức, chưa thực sự kết nối được nhu cầu của các thị trường với tiềm năng sản xuất trong nước nên nhiều nguồn lực của cả hai phía công - tư còn bị lãng phí.
Đây là những điểm nghẽn lớn. Trong thời gian tới mong rằng Chính phủ chỉ đạo tháo gỡ tốt, thì DN cho rằng kết quả kinh doanh năm 2018 của ngành nông nghiệp sẽ còn khả quan hơn nhiều.
