Tuy nhiên, những năm gần đây, sản lượng nông nghiệp nước ta tuy có tăng, nhưng giá trị gia tăng lại thấp, lợi ích kinh tế của đại đa số nông dân chưa được đảm bảo. Nông dân thường xuyên phải đối mặt với thực trạng “được mùa - mất giá, được giá - mất mùa”, bị thương lái ép giá… Người nông dân làm ra hàng hóa được hưởng lợi ít, trong khi đó lợi ích của thương lái thu gom và đại lý các cấp ngày càng tăng. Đây là một nghịch lý đối với nông nghiệp nước ta nói chung, đồng thời phản ánh những bất cập trong quá trình phân phối giá trị sản phẩm nói riêng của hàng hóa nông nghiệp nước ta.
Nguyên nhân của tồn tại này có nhiều, song chủ yếu do phương thức sản xuất, kinh doanh nông sản của nông dân và doanh nghiệp đang dừng ở việc “sản xuất theo khả năng”, chưa chú trọng sản xuất “những gì thị trường cần”. Việc sản xuất theo chuỗi giá trị chưa được quan tâm đúng mức, chưa được hình thành đồng bộ. Trong khi đó sản xuất theo chuỗi giá trị là một trong những đột phá quan trọng hàng đầu trong sản xuất nông nghiệp. Nó cho phép tập trung các nguồn tài nguyên, nguồn vốn... vào các mặt hàng nước ta có lợi thế. Sản xuất theo chuỗi sẽ sắp xếp tổ chức lại sản xuất theo hướng chia sẻ đều quyền lợi cũng như rủi ro cho các tác nhân tham gia chuỗi liên kết, từ đó tạo động lực cho sản xuất, các tác nhân phát huy được hết khả năng của mình. Đồng thời, sản xuất theo chuỗi cho phép kiểm tra chất lượng, vệ sinh an toàn và các tiêu chuẩn kỹ thuật đối với sản phẩm, hàng hóa từ đó duy trì được thương hiệu, tăng khả năng cạnh tranh, đẩy mạnh cung ứng hàng hóa vào thị trường.
Đến nay, lợi ích của người nông dân trong chuỗi giá trị hàng hóa chưa được bảo đảm do việc ứng dụng tiến bộ kỹ thuật, thành tựu khoa học công nghệ và biện pháp tổ chức quản lý tiên tiến vào sản xuất hàng hóa nông sản còn nhiều hạn chế. Do đó năng suất, chất lượng nông sản chưa cao, giá trị gia tăng thấp, sức cạnh tranh của hàng hóa trên thị trường kém, ảnh hưởng trực tiếp tới lợi nhuận của nông dân. Chi phí các yếu tố giống, phân bón, thuốc trừ sâu, thức ăn gia súc, ngày công lao động… ngày càng tăng, cộng với các khoản thuế, phí nông nghiệp đã đẩy giá thành đầu vào sản xuất nông nghiệp lên cao. Vì vậy, chưa tính đến những thiệt hại do thiên tai, dịch bệnh mang lại, lời lãi từ sản xuất nông nghiệp mang lại cho nông dân chẳng đáng là bao.
Chính sách đầu tư, hỗ trợ nông nghiệp, nông dân, nông thôn của Nhà nước ban hành rất nhiều, nhưng phần lớn chưa thực sự đi vào cuộc sống. Trong chính sách đất đai, vấn đề tích tụ ruộng đất chưa chuyển động nhịp nhàng với quá trình phân công lao động xã hội; giá đất đền bù, chuyển nhượng, thu hồi chưa khả thi, dẫn đến tình trạng khiếu kiện xảy ra, nhất là những nơi có nhiều dự án thu hồi đất, chuyển đổi mục đích sử dụng đất. Thủ tục trong thực hiện chính sách tín dụng chưa linh hoạt, hạn mức vay vốn hạn chế. Thông tin, dự báo thị trường, hỗ trợ giá nông sản của Nhà nước chưa đến tận tay nông dân.
Nước ta đã chính thức tham gia TPP, nông sản Việt Nam càng đối mặt không ít thách thức. Để khuyến khích nông dân tham gia các chuỗi giá trị nông nghiệp, tăng giá trị sản xuất, cải thiện thu nhập cho người nông dân, cần vận động nông dân tích cực tham gia củng cố và xây dựng các mô hình liên kết, mô hình kinh tế tập thể trong nông nghiệp nhằm làm thay đổi cơ bản sản xuất nông sản hàng hóa. Cần lựa chọn sản phẩm có lợi thế, có giá trị kinh tế cao phù hợp với thị hiếu người tiêu dùng, sản xuất phù hợp với điều kiện khí hậu, thổ nhưỡng từng vùng. Tăng cường áp dụng công nghệ mới vào sản xuất, đặc biệt là quy trình sản xuất nông nghiệp xanh, nông nghiệp sạch. Thực hành tiết kiệm, giảm chi phí đầu vào cho sản xuất nông nghiệp; chủ động phòng ngừa hạn chế thấp nhất những rủi ro do thiên tai, dịch bệnh gây ra. Hội thảo “Phát triển chuỗi giá trị nông nghiệp bền vững” là cơ hội quý báu để nhìn nhận rõ thực trạng sản xuất nông nghiệp nước ta, đề ra phương hướng phát triển thời gian tới để tăng tính cạnh tranh và xác lập vị thế nông nghiệp Việt Nam.
Để đổi mới ngành nông nghiệp, vấn đề cốt lõi là phải bảo đảm tốt hơn lợi ích của nông dân trong chuỗi giá trị hàng hóa nông sản. Nhà nước cần có chính sách bảo đảm công bằng lợi ích giữa các bên thông qua việc tiếp tục hoàn thiện và hiện thực hóa các chính sách đầu tư, hỗ trợ phát triển nông nghiệp, nông dân, nông thôn; thúc đẩy liên kết hình thành chuỗi giá trị hàng hóa nông sản ngày càng bền vững.