Đông dược đa phần là từ nguồn gốc tự nhiên. Do đó, nhiều người quan niệm đông dược dễ được dung nạp, rất ít hoặc không có tác hại. Nhưng với những minh chứng hóa dược học, đông dược cũng có đầy đủ thuộc tính của thuốc điều trị, nghĩa là cũng có các loại quân, thần, tá, sứ và cũng có các tác dụng chính, phụ, độc hại, không mong muốn…. Hơn nữa, nguồn dược liệu, cách bảo quản…cũng đang có lắm vấn đề.