Sản phẩm “Nước mắm Khúc Phụ”, xã Hoằng Phụ (Hoằng Hóa) đã chính thức được cấp Giấy chứng nhận nhãn hiệu tập thể năm 2015. Từ khi được công nhận đến nay, sản phẩm “Nước mắm Khúc Phụ” được đóng chai và dán nhãn mác rõ ràng, theo thiết kế riêng và tuân thủ quy trình sản xuất bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm nên được khách hàng tin dùng. Hiện xã Hoằng Phụ có khoảng 1.000 hộ chuyên chế biến và buôn bán nước mắm, chủ yếu ở 3 thôn Bắc Sơn, Hợp Tân và Hồng Kỳ, góp phần giải quyết việc làm và thu nhập ổn định cho từ 1.400 đến 1.500 lao động. Riêng thôn Bắc Sơn có gần 600 hộ dân, đã có tới 450 hộ tham gia làm nghề. Thu nhập trung bình ở các thôn này đạt gần 7 triệu đồng/người/tháng, cao gần gấp đôi so với các thôn khác. Hàng năm, toàn xã đã thu mua khoảng 5.000 tấn cá chế biến ra khoảng từ 15 đến 18 triệu lít nước mắm các loại, giá trị đạt từ 20 - 23 tỷ đồng, chiếm 35% tổng giá trị sản xuất của địa phương.
Sản phẩm “Bưởi Luận Văn” xã Thọ Xương (Thọ Xuân) được chứng nhận bảo hộ Chỉ dẫn địa lý năm 2013. Để bảo tồn và phát triển bưởi Luận Văn, UBND huyện Thọ Xuân đã tổ chức tập huấn kỹ thuật trồng, chăm sóc, phòng chống sâu bệnh bưởi Luận Văn cho các hộ dân ở các xã Thọ Xương, Xuân Bái và Xuân Lam. Đồng thời, phối hợp với Trung tâm Nuôi cấy mô thực vật Thanh Hóa (Sở Khoa học và Công nghệ) cung cấp 1.000 cây bưởi Luận Văn cho các hộ gia đình ở xã Thọ Xương trồng trên diện tích đất nằm trong dự án khôi phục và phát triển bưởi Luận Văn. Theo người dân trồng bưởi Luận Văn ở xã Thọ Xương, sau thời gian được chấp nhận bảo hộ chỉ dẫn địa lý, sản phẩm được nhiều người biết đến và tin dùng nên giá bán tăng. Thương lái nhiều nơi đến tận vườn thu mua, phục vụ nhu cầu tiêu dùng trong và ngoài tỉnh.
Để xây dựng và phát triển thương hiệu cho các sản phẩm nông nghiệp, Sở Khoa học và Công nghệ đã phối hợp với các cơ quan liên quan tổ chức tuyên truyền, kiểm tra, giám sát nhằm duy trì và giữ vững thương hiệu đã được bảo hộ. Đồng thời, đưa tiến bộ khoa học - kỹ thuật, quy trình công nghệ vào sản xuất, chú trọng chế biến, bảo quản sản phẩm sau thu hoạch. Trong những năm gần đây, công tác xây dựng và bảo hộ thương hiệu các sản phẩm nông nghiệp của tỉnh đã được triển khai thực hiện và đạt kết quả khả quan, như: Tạo lập, quản lý và phát triển nhãn hiệu chè lam Phủ Quảng (Vĩnh Lộc); nước mắm Do Xuyên - Ba Làng (Tĩnh Gia); bánh gai Tứ Trụ (Thọ Xuân); đăng ký bảo hộ chỉ dẫn địa lý bưởi Luận Văn (Thọ Xuân); tơ lụa Hồng Đô (Thiệu Hóa); nón lá Trường Giang (Nông Cống)... Từ năm 2017 đến tháng 8 - 2018, Sở Khoa học và Công nghệ đã hướng dẫn cho 87 tổ chức, cá nhân về quyền sở hữu sản phẩm; hướng dẫn cho Công ty CP Giấy Ánh Mai (TP Thanh Hóa) giải quyết kiến nghị về việc một số hộ dân tự ý sử dụng trái phép nhãn hiệu chứng nhận “Rượu làng Quảng Xá”. Hướng dẫn UBND huyện Bá Thước xây dựng hồ sơ thuyết minh Dự án: “Xây dựng và quản lý chỉ dẫn địa lý Cổ Lũng cho sản phẩm vịt của huyện Bá Thước, tỉnh Thanh Hóa”. Ngoài ra, sở còn tham mưu cho Chủ tịch UBND tỉnh phê duyệt, triển khai Dự án “Xác lập, quản lý và phát triển nhãn hiệu chứng nhận cam Vân Du cho sản phẩm cam của huyện Thạch Thành”... Những hoạt động trên đã góp phần tạo chuyển biến tích cực trong hoạt động xây dựng và bảo hộ thương hiệu sản phẩm trên địa bàn các huyện, thị xã, thành phố.
Tuy nhiên, hiện trên địa bàn tỉnh chỉ có 13 sản phẩm được cấp văn bằng bảo hộ (chỉ dẫn địa lý, nhãn hiệu tập thể, nhãn hiệu chứng nhận) chiếm số ít trong các sản phẩm nông nghiệp của tỉnh. Nguyên nhân là do các cá nhân, tổ chức trực tiếp sản xuất chưa quan tâm đến sản xuất theo tiêu chuẩn VietGAP, số lượng các sản phẩm ứng dụng các tiến bộ khoa học công nghệ chưa nhiều, năng suất và chất lượng chưa cao. Mặt khác, các sản phẩm được sản xuất theo hướng VietGAP chưa có nhãn mác và địa chỉ cơ sở sản xuất, người tiêu dùng chưa biết đến và yên tâm khi lựa chọn. Trong khi người tiêu dùng vẫn còn thói quen tiêu dùng ở chợ truyền thống, ít quan tâm và thờ ơ về nhãn hàng hóa, địa chỉ và tiêu chuẩn đảm bảo an toàn vệ sinh của sản phẩm.